A melhor campanha do Goiás na Copa Libertadores foi em 2006. O time esmeraldino teve uma participação histórica no torneio, chegando até as oitavas de final.
Na fase de grupos, o Goiás enfrentou adversários como Palmeiras, Cerro Porteño e Deportivo Cali. Com uma campanha consistente, o time conquistou a segunda colocação do grupo e avançou para a próxima fase.
Nas oitavas de final, o Goiás enfrentou o Estudiantes de La Plata. No primeiro jogo, realizado no Estádio Serra Dourada, em Goiânia, as equipes empataram por 2 a 2. Os gols do Goiás foram marcados por Paulo Baier e Rafael Moura.
No jogo de volta, disputado na Argentina, o Estudiantes venceu por 3 a 1 e eliminou o Goiás da competição. O gol esmeraldino foi anotado por Romerito.
Mesmo com a eliminação nas oitavas de final, a campanha do Goiás na Copa Libertadores de 2006 ficará marcada na história do clube. Foi um feito inédito para os esmeraldinos e demonstrou a força da equipe goiana no cenário sul-americano.
- Fase de grupos: O Goiás conquistou a segunda colocação do grupo ao enfrentar Palmeiras (Brasil), Cerro Porteño (Paraguai) e Deportivo Cali (Colômbia).
- Oitavas de final: O Goiás enfrentou o Estudiantes de La Plata (Argentina) e empatou por 2 a 2 no primeiro jogo, realizado em Goiânia. No jogo de volta, o Estudiantes venceu por 3 a 1 e eliminou o Goiás.
A participação do Goiás na Copa Libertadores de 2006 foi um marco para o clube, mostrando sua capacidade de competir em alto nível no cenário internacional. Mesmo com a eliminação nas oitavas de final, os esmeraldinos deixaram sua marca e orgulharam seus torcedores.
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