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Rafael Marques Pinto nasceu em 21 de setembro de 1983, no Rio de Janeiro. Iniciou sua carreira profissional no Goiás Esporte Clube em 2003, onde permaneceu até 2006.
Em 2007, transferiu-se para o Botafogo, onde se destacou como um zagueiro confiável e eficiente. Atuou pelo clube carioca até 2010, conquistando o Campeonato Carioca em 2008.
Em 2011, Rafael Marques Pinto teve uma breve passagem pelo futebol chinês, defendendo o Shanghai Shenhua. Retornou ao Brasil em 2012 para jogar pelo Palmeiras, onde permaneceu por duas temporadas.
Em 2014, retornou ao Goiás, clube onde iniciou sua carreira. Atuou pelo time goiano até 2016, quando encerrou sua carreira profissional.
Rafael Marques Pinto era conhecido por sua solidez defensiva, boa leitura de jogo e habilidade no jogo aéreo. Era um zagueiro confiável e consistente, que contribuiu para o sucesso das equipes que defendeu.