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Carlos Emiliano Pereira, conhecido como Carlinhos, nasceu em Piripiri, Piauí, em 29 de novembro de 1986. Iniciou sua carreira no futebol nas categorias de base do Goiás Esporte Clube.
Em 2006, Carlinhos foi promovido ao time principal do Goiás. Como zagueiro, destacou-se por sua solidez defensiva e liderança em campo. Atuou pelo clube goiano por seis temporadas, conquistando o Campeonato Goiano em 2009 e 2012.
Em 2013, transferiu-se para o Atlético Mineiro, onde permaneceu por duas temporadas. Durante esse período, conquistou a Copa Libertadores da América em 2013 e o Campeonato Mineiro em 2015.
Após deixar o Atlético Mineiro, Carlinhos retornou ao Goiás em 2016. Em sua segunda passagem pelo clube, ajudou a equipe a conquistar mais um Campeonato Goiano em 2018.
Em 2020, Carlinhos anunciou sua aposentadoria do futebol profissional. Encerrou sua carreira com mais de 300 jogos disputados e vários títulos conquistados.